I piloti Honda hanno dominato la seconda ed ultima sessione di prove libere prevista nel venerdì di Motegi. Ad ottenere il miglior tempo è stato questa volta lo spagnolo Dani Pedrosa per soli 54 millesimi dal compagno di squadra Casey Stoner, protagonista nelle FP1.

Dietro di loro si conferma veloce sul tracciato giapponese anche Andrea Dovizioso, staccato di un decimo abbondante. Alle sue spalle insegue il connazionale Marco Simoncelli, anche lui su Honda ma con i colori del team Gresini.

Jorge Lorenzo deve accontentarsi della quinta posizione pagando mezzo secondo dalla vetta, mentre lo statunitense Nicky Hayden scivola in sesta posizione confermandosi comunque come il pilota Ducati più veloce. Il suo compagno di squadra, Valentino Rossi, è infatti ottavo (dietro Aoyama) e ancora non è riuscito a scendere sotto il secondo di distacco dai più veloci.

Completano le prime dieci posizioni di questa classifica il pilota Tech 3 Colin Edwards e lo spagnolo Alvaro Bautista con la Suzuki.

La classifica dei tempi:

01. Dani PEDROSA - Repsol Honda Team - 1'46"790
02. Casey STONER - Repsol Honda Team - 1'46"844 - +0"054
03. Andrea DOVIZIOSO - Repsol Honda Team - 1'46"952 - +0"162
04. Marco SIMONCELLI - San Carlo Honda Gresini - 1'47"188 - +0"398
05. Jorge LORENZO - Yamaha Factory Racing - 1'47"310 - +0"520
06. Nicky HAYDEN - Ducati Team - 1'47"381 - +0"591
07. Hiroshi AOYAMA - San Carlo Honda Gresini - 1'47"785 - +0"995
08. Valentino ROSSI - Ducati Team - 1'47"975 - +1"185
09. Hector BARBERA - Mapfre Aspar Team MotoGP - 1'48"055 - +1"265
10. Colin EDWARDS - Monster Yamaha Tech 3 - 1'48"076 - +1"286
11. Alvaro BAUTISTA - Rizla Suzuki MotoGP - 1'48"097 - +1"307
12. Randy DE PUNIET - Pramac Racing Team - 1'48"374 - +1"584
13. Cal CRUTCHLOW - Monster Yamaha Tech 3 - 1'48"379 - +1"589
14. Ben SPIES - Yamaha Factory Racing - 1'48"567 - +1"777
15. Toni ELIAS - LCR Honda MotoGP - 1'48"743 - +1"953
16. Karel ABRAHAM - Cardion AB Motoracing - 1'49"305 - +2"515
17. Kousuke AKIYOSHI - LCR Honda MotoGP - 1'49"464 - +2"674
18. Shinichi ITO - Honda Racing Team - 1'49"673 - +2"883
19. Damian CUDLIN - Pramac Racing Team - 1'51"349 - +4"559