Il GP del Giappone inizia (e finisce) malissimo per l'unico vero rivale di Jorge Lorenzo in questa stagione. Al terzo giro, Dani Pedrosa è finito infatti a terra con la sua Honda, fratturandosi in tre punti la clavicola sinistra.
Trasportato immediatamente al centro medico, il pilota del team Repsol non prenderà parte, dunque, al resto del weekend per un intervento immediato che richiederà l'applicazione di alcune placche metalliche consentendo a Pedrosa un recupero più veloce.
Ad approfittare della situazione è stato un ritrovato Valentino Rossi. Suo, infatti, il miglior tempo al termine della prima sessione di prove libere con 1'48"174, seguito dal connazionale Andrea Dovizioso.
Solo terzo Jorge Lorenzo con la seconda Yamaha ufficiale. Vicino allo spagnolo troviamo anche il vincitore di Motorland, Casey Stoner, con la Ducati.
Dalla quinta posizione in poi, quella occupata da Ben Spies, i distacchi superano il secondo rispetto al tempo ottenuto da Rossi e dai più veloci. Va segnalato, comunque, l'ottimo sesto posto di Hiroshi Aoyama con la Honda del team Interwetten, mentre Edwards e Barbera chiudono rispettivamente in settima ed ottava posizione.
Nella Top 10 anche i due italiani Loris Capirossi e Marco Simoncelli, con Marco Melandri, 11esimo, a 39 millesimi dal compagno di squadra.